[Parent_link]< Terug naar[/Parent_link]

Identificatie en typering micro-organismen

Door mogelijke bronnen van microbiële besmetting op te sporen wordt voorkomen dat de besmetting zich uitbreidt naar de omgeving waar voedsel verwerkt wordt. Mérieux Nutrisciences gebruikt o.a. DNA sequencing om onbekende pathogene en bederfveroorzakende organismen te identificeren. 

Door de microbiële identificatie van Mérieux NutriSciences krijgt de bacterie een naam, waardoor u beter kunt inschatten welke stappen u moet ondernemen in uw productiefaciliteit. Hiermee kunt u de verliezen ten gevolge van moeilijk aantoonbare voedselpathogenen en dure besmettingsincidenten beperken.

Bacteriële identificatie d.m.v. 16S rRNA

Om bacteriestammen te identificeren wordt vaak de sequentie van het gen dat codeert voor het 16S ribosomaal RNA (16S rRNA) geanalyseerd. 16S rRNA-gen sequencing wordt standaard toegepast in bacterieel fylogenetisch en taxonomisch onderzoek omdat dit gen bij veel verschillende soorten bacteriën voorkomt.

Met MicroSEQ® 500 bp 16S rDNA sequencing kunnen 500 basenparen van het 16S rRNA gen vermeerderd en gesequencet worden, en vervolgens vergeleken met de MicroSEQ® 16S rDNA 500 genenbibliotheek om de soort te identificeren.

De gevalideerde MicroSEQ® 16S rDNA-bibliotheek bevat meer dan 2000 soorten bacteriën.

In 2017 komt er voor onze klanten een nieuwe, in silico gevalideerde bibliotheek beschikbaar die ruim 10.000 soorten bacteriën bevat.

Identificatie van gisten en schimmels m.b.v. ITS2 gebied

Sequencing van het ITS2 gebied heeft ook veel potentieel voor het identificeren van gisten en diverse filamenteuze schimmels, waaronder Aspergillus– en Zygomycetes soorten en dermatofyten.

MicroSEQ™ D2 rDNA schimmel-sequencing is gebaseerd op de fylogenetische analyse van het D2 gebied van de grote subeenheid van de ribosomale RNA gen-sequentie. De gevalideerde MicroSeq™ D2 rDNA schimmelbibliotheek bevat meer dan 1200 soorten.

Voor de identificatie van zowel bacteriën als schimmels geldt dat maatwerkbibliotheken de benodigde flexibiliteit bieden om gespecialiseerde bibliotheken aan te leggen met de micro-organismen die het meest voorkomen in uw eigen monstermatrices en voedselverwerkingsomgeving.

MALDI-TOF-identificatie

Mérieux NutriSciences identificeert ook micro-organismen met behulp van Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF). MALDI-TOF is een nauwkeurig, robuust en snel proteotypisch alternatief voor DNA-sequencing. Met de MALDI-TOF MS techniek meten we de abundante eiwitten die in alle bacteriën voorkomen. Met deze eiwitprofielen kan een micro-organisme tot op soortniveau betrouwbaar en nauwkeurig geïdentificeerd worden door het gevonden patroon te vergelijken met patronen uit een grote, open databank.

Mérieux NutriSciences biedt volledige MALDI-TOF-identificatie omdat we twee databanken combineren: de Bruker Daltonics-Biotyper database, die meer dan 2600 verschillende soorten bevat, waaronder 2000 bacteriesoorten, en de Biomérieux’s Vitek-MS -Saramis database, die ruim 770 verschillende soorten bevat, waaronder 465 bacteriesoorten.

Het is ook mogelijk om een op maat gemaakte bibliotheek aan te leggen.

Moleculaire typering

Met moleculaire typering kunnen we de bron van een pathogene microbiële besmetting achterhalen. Daarmee kunnen we de probleemgebieden in uw fabriek opsporen. Met ingang van de herfst van 2017 voert Mérieux NutriSciences ook RiboPrinter-analyses uit om stammen te identificeren. Het RiboPrinter® systeem is een geautomatiseerd ribotyperingsysteem dat een RiboPrint™ patroon genereert uit het ribosomale DNA (16S, 23S, 5S, en naastgelegen gebieden) van het genoom. Bijkomend voordeel van deze technologie is de mogelijkheid om vingerafdrukken van micro-organismen te maken zonder eerst de soort te hoeven identificeren om de verschillende stammen te kunnen vergelijken. In combinatie met BioNumerics software van Applied Maths vormt de RiboPrinter® een prima instrument voor het onderscheiden van bacteriestammen.

WGS

Voor het volledig in kaart brengen van een stam gebruikt Mérieux NutriSciences Whole Genome Sequencing (WGS).

wgs1.jpg
Whole Genome Sequencing (WGS) betekent dat de volledige DNA-volgorde van een organisme wordt bepaald. Hiermee worden zelfs de kleinste details over een organisme bekend: genen, plasmiden, virulentiefactoren, serotype en resistentiegenen (bijvoorbeeld antibioticaresistentie, zware metalenresistentie, stressresistentie). Een WGS-analyse kijkt op nucleotideniveau naar verschillen om te zien wat de ene stam van een bepaald soort of geslacht onderscheidt van de andere. Deze informatie wordt gebruikt om fylogenetische stambomen aan te leggen en de relaties tussen stammen (stamtypering) te bepalen. Genomen kunnen de novo geassembleerd worden (de novo sequencing), wat een objectief geconstrueerd genoom oplevert. De volledige genoomsequentie van een bacterie maakt stamtypering tot op het diepste niveau mogelijk.Met behulp van onze identificatie, typering en stamtypering van micro-organismen kunt u:

  • bacteriestammen van verschillende plekken binnen uw fabriek vergelijken;
  • isolaten uit de productieomgeving of uit ingrediënten vergelijken met isolaten uit het eindproduct;
  • microbiële niches identificeren

Wilt u weten hoe onze [Post_Title] dienst uw organisatie kan helpen?